Los congresos bienales de la sociedad son una de las actividades más importantes organizadas por la SENC. Estos congresos constituyen uno de los encuentros neurocientíficos de mayor repercusión, no solo a escala nacional, sino dentro del contexto iberoamericano. El próximo congreso SENC tendrá lugar en Septiembre de 2013. La JD de la sociedad se encuentra ya trabajando en su organización.
Desde 2011, la responsabilidad científica de los Congresos SENC depende del Comité de Programas mientras que su organización recae en la Junta Directiva. El objetivo buscado con estas iniciativas es dotar al Congreso de identidad y continuidad, de forma que la experiencia acumulada se conserve y sirva para encauzar los objetivos científicos y estratégicos de la sociedad.